Có tên gọi chùa Đậu bởi khách hành hương đến cầu điều gì cũng linh ứng (Đậu còn có nghĩa là đạt được ước muốn). Chùa cũng có tên gọi là chùa Vua bởi ban đầu, chùa chỉ dành cho những bậc vua quan, công khanh vào tế lễ, vãng cảnh, còn người dân chỉ được vào lễ bái trong 3 ngày có hội chùa. Ngoài hai tên gọi trên, chùa còn có tên là chùa Bà Đậu bởi tại nơi này có Bồ Tát hiện thân là Nữ hay còn gọi là Pháp Vũ tự - một trong bốn vị Thần dân gian (Tứ Pháp) bảo hộ cho cuộc sống của cư dân nông nghiệp lúa nước là Pháp Vân, Pháp Vũ, Pháp Lôi, Pháp Điện (Thần Mây, Thần Mưa, Thần Sấm, Thần Chớp). Chùa Đậu không chỉ thờ Phật mà còn thờ bốn vị Thần dân gian nói trên.

Cổng Tam quan chùa Đậu.

Chùa được xây theo truyền thống của chùa cổ ở nước ta với kiến trúc “nội Công - ngoại Quốc” (bên trong là chữ Công và bao quanh là chữ Quốc theo lối Hán tự). Chùa đã được nhiều triều đại phong kiến trùng tu tôn tạo khá nhiều lần nhưng vẫn giữ được nét kiến trúc thuở ban đầu. Qua cổng tam quan vào chùa, hai bên có hai dãy nhà Tả vu và Hữu vu dành cho khách hành hương vãng cảnh chùa nghỉ ngơi. Nhà Tiền đường phía trước nối hai dãy hành lang hai bên với Tam Bảo, Nhà Tổ phía sau bao bọc tòa Thiên Hương và điện thờ Bà Đậu (còn gọi Nữ Thần Pháp Vũ - Thần Mưa). Trên gác cổng Tam quan là gác chuông, các đầu mái hai tầng Tam quan đều uốn cong hình mái đao, tầng hai treo một quả chuông lớn đúc năm Cảnh Thịnh thứ 9 (năm 1801) nhà Tây Sơn. Quai treo quả chuông đúc hình hai con Bồ Lao (là con thứ 3 của Rồng). Theo truyền thuyết, con Bồ Lao là linh vật có tiếng kêu rất to, thích âm thanh lớn nhưng lại sợ con Cá Kình ở biển nên mỗi khi gặp Cá Kình thì tiếng kêu thét của nó càng to nên người xưa thường dùng Chày Kình đánh vào chuông làm cho tiếng Bồ Lao - tiếng chuông thêm kinh động vang vọng bay xa hơn.

Xá Lợi toàn thân Thiền sư Vũ Khắc Minh.

Trong chùa lưu giữ một đôi Rồng đá đời nhà Trần, nhiều viên gạch lớn đời nhà Mạc cùng nhiều tấm bia đá có niên hiệu Sùng Khang đời nhà Lê (năm 1566-1577). Chùa còn lưu giữ một chiếc khánh đồng đúc năm 1774 đời vua Lê Hiển Tông, trên khắc bài minh do danh sĩ Phan Trọng Phiên biên soạn. Có hai tấm biển gỗ sơn son thếp vàng, một tấm khắc bài thơ nôm của chúa Trịnh Căn (1682-1709), một tấm khắc bài thơ nôm của chúa Trịnh Cương (1709-1729).

Đặc biệt, chùa còn lưu giữ Xá Lợi toàn thân của Thiền sư Vũ Khắc Minh và Xá Lợi toàn thân của Thiền sư Vũ Khắc Trường đã tu hành đắc đạo ở chùa vào thế kỉ XVII (cách đây khoảng 400 năm), có lẽ vì thế mà chùa còn có tên gọi là Thành Đạo tự.

Xá Lợi toàn thân Thiền sư Vũ Khắc Trường.

Trải qua một thời gian khá dài nên Xá lợi toàn thân của hai vị Thiền sư đã bị ảnh hưởng phần nào bởi tác động của các yếu tố thiên nhiên nên đầu năm 1993, Bảo tàng Lịch sử quốc gia đã trùng tu thành công Xá Lợi toàn thân của hai vị Thiền sư. Xá Lợi toàn thân của hai vị Thiền sư đốt không cháy, ngâm trong nước không tan là một tài sản quý báu không chỉ của riêng chùa Đậu mà còn là của Nhân dân và giới Phật giáo nước ta. Tương truyền, Thiền Sư Vũ Khắc Minh là chú của Thiền Sư Vũ Khắc Trường.

Khung cảnh thiên nhiên chùa rộng mở với nhiều cây cổ thụ tỏa bóng mát che chở những mái chùa và che mát con đường bao quanh cho khách hành hương đến làm lễ, vãng cảnh. Vào mùa sen nở, những đầm nước quanh chùa càng thêm rực rỡ bởi những bông sen màu hồng, màu trắng e ấp tỏa hương bên những cành lá tươi xanh làm mát mắt khách hành hương giúp cho tinh thần thêm thư thái chốn bình yên. Những dòng người đến lễ chùa cầu cho mùa màng tươi tốt, cầu bình an và các bạn học sinh vui mừng đến cầu Thần - Phật phù hộ độ trì cho học hành, thi cử đỗ đạt càng tăng thêm sự linh thiêng, sự tôn nghiêm của chùa, xứng với tên gọi “Đệ nhất danh lam” mà vua Lê Thần Tông đã tặng cho chùa từ thế kỉ XVII.

Năm 1964, chùa đã được Nhà nước xếp hạng Di tích lịch sử Nghệ thuật.