Là công thần của nhà Nguyễn nên năm 1802, sau khi lên ngôi, Nguyễn Ánh đã phong Lê Văn Duyệt làm “Khâm sai Chưởng Tả Quân dinh Bình Tây tướng quân, tước quận công”. Về sau, ông còn có nhiều công lao dẹp yên các cuộc nổi dậy, bạo loạn, cướp phá. Tả quân Lê Văn Duyệt sau được liệt vào hàng Đệ nhất khai quốc công thần với nhiều đặc ân, như được vào chầu vua không phải lạy, đặc quyền tiền trảm hậu tấu nơi biên thùy.

Năm 1813, vua Gia Long cử ông làm Tổng trấn Gia Định thành, trông coi mọi việc ở 5 trấn: Biên Hòa, Gia Định, Định Tường, Vĩnh Long và Hà Tiên. Năm 1815, ông được triệu về Kinh. Năm 1820, ông được vua Minh Mạng cử làm Tổng trấn Gia Định thành lần thứ hai và tại vị cho đến lúc mất (năm 1832), thọ 69 tuổi.

Trong thời gian trấn nhậm Nam Bộ, ông có công lao to lớn trên các phương diện giữ vững an ninh vùng biên giới Tây Nam của đất nước; tổ chức đào kênh Vĩnh Tế - một con kênh có giá trị về nhiều mặt ở miền Tây Nam Bộ; khuyến khích Nhân dân đẩy mạnh việc khẩn hoang để mở mang diện tích ruộng đất canh tác nông nghiệp; trọng dụng nhân tài; kiên quyết trừng trị bọn tham quan ô lại…

Đền thờ Tả quân Lê Văn Duyệt trong Lăng Ông Bà Chiểu tại TP Hồ Chí Minh.

Năm 1833, người con nuôi của ông là Lê Văn Khôi đã khởi binh chống lại triều đình. Hai năm sau, cuộc khởi binh bị đàn áp đẫm máu. Vua Minh Mạng ra lệnh san bằng phần mộ của ông. Đến năm Tân Sửu (1841), vua Thiệu Trị lên ngôi, biết Tiên đế kết tội oan ông, nên xuống chiếu hủy bỏ bia kết tội cùng xiềng xích và cho xây đắp lại mộ. Năm 1848, vua Tự Đức truy phong chức tước lại cho ông và ban phẩm hàm cho con cháu ông, cho đắp phần mộ cao rộng thêm và cho tu bổ lại đền thờ cạnh mộ ông.

Hiện nay, Nhân dân quen gọi lăng mộ của ông là Lăng Thượng công, Lăng Đức Tả quân hay Lăng Ông Bà Chiểu, tọa lạc tại vùng Bà Chiểu, quận Bình Thạnh, TP Hồ Chí Minh. Hằng năm, đến ngày giỗ kị của ông, Nhân dân đến đây lễ bái rất đông.

Hai lần làm tổng trấn thành Gia Định, Tả quân coi cả quân và dân trọn vùng Nam Bộ, quyền uy rất lớn. Ông một lòng trung nghĩa, hành sự nghiêm minh, đối xử công bằng nên lòng người kính phục. Ông cũng thể hiện mình là nhà chính trị sắc sảo, có tư duy làm kinh tế, để lại dấu ấn lớn trong việc khai phá, mở rộng và phát triển vùng đất phương Nam.

Nam Bộ bấy giờ nhiều nơi còn hoang vu, đã được Tả quân Lê Văn Duyệt chiêu mộ Nhân dân khẩn hoang, tạo nên những cánh đồng trù phú. Ông còn đề xuất với triều đình tổ chức đào kênh Vĩnh Tế, trong 5 năm thực hiện đã huy động hơn 90.000 dân công, phục vụ nước tưới tiêu cho hàng vạn mẫu ruộng và giúp giao thông đường thủy thuận lợi. Công trình còn có ý nghĩa to lớn về kinh tế và quốc phòng đến ngày nay.

Ông còn khéo léo mở rộng giao thương với các nước, thu hút người phương Tây đến buôn bán, khuyến khích dân Hoa kiều nhập cư vào đất Gia Định để phát triển thương mại. Thời kì này, nhiều tàu buôn của các nước cập bến Gia Định để mua bán, khung cảnh buôn bán nhộn nhịp trên bến dưới thuyền bậc nhất nước ta lúc bấy giờ.

Ông còn thể hiện ở cách thi hành luật pháp, nghiêm trị tham quan, phường trộm cướp; quan tâm chăm lo đời sống người dân và binh sĩ. Cách đối nhân xử thế của ông khiến lòng người ai cũng kính phục, gọi ông là Ông Lớn Thượng, là Thượng Công. Ông đã thành lập hai cơ quan từ thiện để rèn luyện võ nghệ và dạy chữ nghĩa cho nhiều trẻ em. Thời gian cai quản Nam Bộ, Tả quân Lê Văn Duyệt còn nổi tiếng với những thú vui, như trò voi đấu hổ, chọi gà, … Ngoài ra, ông còn có những thú vui tao nhã là thích hòa mình giữa thiên nhiên cây cỏ, nghe hát tuồng.

Từ năm 1914 đến 1974, toàn khu vực lăng mộ ông được xây dựng hoàn chỉnh, dân thường gọi là Lăng Ông. Do vị trí Lăng Ông nằm ở khu vực Bà Chiểu (địa chỉ ngày nay là số 1, Vũ Tùng, phường 1, quận Bình Thạnh, TP. Hồ Chí Minh) nên người dân quen gọi chung là Lăng Ông - Bà Chiểu. Quần thể công trình đã được công nhận là Di tích lịch sử - văn hóa cấp quốc gia năm 1989.

Thời kì Trịnh - Nguyễn phân tranh, ông nội Tả quân Lê Văn Duyệt là Lê Văn Hiếu vào Nam lập nghiệp tại vàm Trà Lọt, thuộc xã Hòa Khánh, tỉnh Định Tường xưa (nay là tỉnh Tiền Giang). Sau khi ông nội mất và được an táng tại Hòa Khánh, cha ông đưa gia đình về cư trú tại rạch Ông Hổ, thuộc làng Long Hưng, tỉnh Định Tường. Vì thế, có thể xem Long Hưng là quê hương của ông. Và đó cũng là lí do để các vị bô lão ở Long Hưng cho rằng ngôi mộ tại khu lăng mộ này, bên cạnh song thân của mình mới chính là mộ thật của Tả quân Lê Văn Duyệt.

Khu lăng mộ, đền thờ Tả quân Lê Văn Duyệt và song thân hiện nằm ở ấp Thạnh Hòa, xã Long Hưng, huyện Châu Thành, tỉnh Tiền Giang; cuối năm 2009, được công nhận là Di tích lịch sử - văn hóa cấp tỉnh. Theo Ban Quý tế khu lăng mộ, khu lăng này do đức Tả quân Lê Văn Duyệt lập ra để chôn cất thân sinh của mình là ông Lê Văn Toại và bà Nguyễn Phu Nhân.

Quần thể lăng có 10 ngôi mộ, trong đó có 2 ngôi mộ lớn nhất nằm về hướng Tây là song thân của đức Tả quân, người dân gọi là mộ ông cố, bà cố. Giữa 2 ngôi mộ này là 1 ngôi mộ nhỏ hơn, mặt trước tấm bình phong sau mộ có hình điểu và hổ. Theo truyền thuyết, tướng tinh của Tả quân là mãnh hổ, nên nhiều giả thuyết cho rằng đây là mộ của Tả quân Lê Văn Duyệt.

Được biết, trong giai đoạn từ năm 1936 - 1940, phong trào cách mạng ở địa phương lên cao, khu vực lăng mộ rất hoang vu, um tùm, người dân không dám ra vào khu vực này, nên Hương quản Lành lúc đó đem hình của ông về Đình Long Hưng thờ chung với thần. Vì thế, hằng năm, cứ đến ngày giỗ ông (1/8 âm lịch), người dân cả 2 khu vực đều tụ tập về lễ bái rất đông. Hiện nay, Khu lăng mộ của ông được Nhân dân quanh năm hương khói. Tên của ông được đặt cho một con đường ở trung tâm TP Mỹ Tho.