Sử cũ chép: Chùa Hoa Long ở bến sông thôn Việt Trì, huyện Bạch Hạc, không rõ dựng từ đời nào, bên cạnh chùa có một phiến đá, trên mặt đá có dấu tích của người xưa. Hoa Long thiền tự được "Cương mục" chép năm 1740 với dự kiến trùng tu lớn của Nhà nước. Như vậy, chùa này được xây dựng từ rất sớm. Ở sau chùa có một gò đất, tương truyền đấy là một nền thành cũ. Các sách địa chí cổ đều thừa nhận gò đất là dấu tích cũ của cung điện thời Hùng Vương.

Liền kề Hoa Long thiền tự là đình Việt Trì thờ Thánh tổ Hùng Vương, ở giữa là đền thờ Hoa Dung công chúa, nay vẫn còn dấu vết nền móng bằng đá ong. Sau Hoa Long tự có một cái ao khá rộng mặc dầu đã san lấp nhiều, ao mang tên Hàm Long (ao Hàm Rồng) cùng với Bến Gót nơi có Hà Thần Miếu ở khu đất có tên Long Thổ Châu (Bãi đất Rồng).

Cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp năm 1946 - 1954 Việt Trì bị tái chiếm, thực dân Pháp càn quét tàn phá đình chùa. Năm 1994, chùa Hoa Long khởi công tái thiết đến năm 1997 khánh thành. Chùa tọa lạc trên đồi cao đúng nền cũ năm 1886 với diện tích 2.846m2, riêng nhà Tam Bảo nơi thờ phật rộng tới 300m2.

Nay Hoa Long thiền tự xây dựng đã hoàn thiện. Ngoài chùa chính còn có Tổ đường, Ni đường, giảng đường. Bên cạnh chùa là lầu Hoa Dung, đền thờ công chúa Ngọc Hoa và Tiên Dung, tượng công chúa tạc đá cẩm thạch. Chùa Hoa Long xây dựng khang trang, bề thế, dáng cổ kính.

Trong chùa hàng chục pho tượng Phật đều toát lên sự linh thiêng. Mỗi một pho tượng là một hình dáng, một tâm hồn rất sống động. Đặc biệt trong chùa còn lưu giữ được quả chuông với bài minh khắc trên đó. Bài minh nêu rõ sự tích chùa, các sư trụ trì, các cá nhân và địa phương công đức. Cuối bài minh ghi: "Tam Đái phủ, Bạch Hạc huyện, Bạch Hạc xã, Việt Trì thôn Lê Triều Cảnh Hưng vạn vạn niên chi thập bát tuế thứ, Đinh Sửu tam nguyệt cốc nhật". Nghĩa là quả chuông này đúc và hoàn thành Triều Lê Cảnh hưng thứ 18, năm Đinh Sửu (1757) ngày tốt lành tháng 3. Cái khánh đồng tạo năm Kỷ Mùi (1799) là nguyên bản của Hoa Long thiền tự xưa. Đây là 2 cổ vật vô cùng quý báu, là tài sản vô giá của Hoa Long thiền tự.

Ngôi chùa này được UBND tỉnh Phú Thọ công nhận và cấp bằng Di tích lịch sử văn hóa năm 2004.