Việc xử lí hành vi tham nhũng còn có thể áp dụng các biện pháp xử lí kỉ luật hành chính, có nghĩa là tồn tại song song hai hình thức xử phạt chính là xử lí kỉ luật hành chính và hình sự. Các chế tài hình sự được quy định chi tiết trong Bộ luật Hình sự. Các chế tài kỉ luật hành chính được dẫn chiếu tới các văn bản pháp luật về cán bộ, công chức, viên chức.

Việc tồn tại song song hai hình thức xử lí đã tạo ra những kẽ hở để bao che, nương nhẹ cho hành vi tham nhũng. Luật Phòng chống tham nhũng quy định thêm năm hành vi tham nhũng mà Bộ luật Hình sự không quy định thành tội phạm tham nhũng. Điều này không có tác dụng trong việc răn đe và xử lí thêm nhiều hành vi tham nhũng mà còn mở ra “lối thoát” để một số hành vi đáng lẽ phải bị điều tra, xử lí hình sự theo quy định Bộ luật Hình sự thì có thể được chuyển hóa nhẹ đi thành năm hành vi còn lại theo quy định của Luật Phòng chống tham nhũng và xử lí theo các hình thức kỉ luật hành chính. Thí dụ như hành vi tham ô tài sản (bị xử lí hình sự) và hành vi lợi dụng chức vụ, quyền hạn sử dụng trái phép tài sản công vì vụ lợi (chỉ bị xử lí kỉ luật hành chính) có ranh giới rất mong manh trong xác định, hành vi trước có thể bị chuyển thành hành vi sau để tránh bị xử lí về hình sự. Hay hành vi kê khai tài sản gian dối được quy định tại Luật Phòng chống tham nhũng chỉ có thể bị xử lí bằng các hình thức kỉ luật hành chính.

Có thể nhận thấy rõ điều này qua thực tế từ khi Luật Phòng chống tham nhũng năm 2005 được ban hành cho tới năm 2015, hầu như các nỗ lực chống tham nhũng chưa có nhiều đột phá. Chỉ thị 50-CT/TW của Bộ Chính trị về tăng cường sự lãnh đạo của Đảng đối với công tác phát hiện, xử lí vụ việc, vụ án tham nhũng nêu rõ tồn tại “công tác phát hiện, xử lí tham nhũng chưa đáp ứng yêu cầu; số vụ việc, vụ án tham nhũng được phát hiện còn ít; một số vụ việc xử lí còn kéo dài, chưa nghiêm”. Một số cán bộ với hàng loạt những sai phạm, gây thất thoát lớn cho NSNN nhưng chỉ bị kỉ luật với các hình thức cảnh cáo, cách chức, chuyển công tác, đã về hưu thì xóa tư cách chức vụ đã đảm nhiệm mà không bị đưa ra điều tra, xử lí về mặt hình sự. Hay như trường hợp bà Hồ Thị Kim Thoa chỉ bị miễn nhiệm chức vụ Thứ trưởng Bộ Công thương trong khi dư luận vẫn còn nhiều câu hỏi xoay quanh khối tài sản lớn mà bà Thoa đã sở hữu tại Công ty CP Bóng đèn Điện Quang chưa được giải trình rõ ràng.

Một số vụ án tham nhũng, Tòa án quyết định hình phạt nhẹ hoặc áp dụng các tình tiết về nhân thân tốt, phạm tội lần đầu, có thành tích xuất sắc, bồi thường thiệt hại, gia đình có công… để cho bị cáo hưởng án treo thiếu thuyết phục, kể cả với trường hợp là chủ mưu. Một số cán bộ trong các cơ quan tư pháp có hành vi nhận hối lộ với mục đích bao che cho tội phạm tham nhũng. Tòa án Nhân dân Tối cao từng chỉ ra rằng, các vụ án tham nhũng bị phát hiện ngày càng nhiều, gây thiệt hại lớn về kinh tế, gây bất bình trong xã hội, nhưng việc đưa ra truy tố, xét xử chưa đáp ứng được yêu cầu, hình phạt áp dụng đối với các bị cáo phạm tội tham nhũng đôi khi còn chưa tương xứng với tính chất, mức độ nguy hiểm của hành vi phạm tội. Điều này đã gây bức xúc trong dư luận một thời gian khá dài, xâm hại tới niềm tin của Nhân dân đối với Nhà nước.

Riêng hình thức xử lí kỉ luật hành chính như khiển trách, cảnh cáo, hạ bậc lương, cách chức và buộc thôi việc cũng tiềm ẩn những nguy cơ nương nhẹ. Cán bộ, công chức sẽ bị xem xét kỉ luật bởi một hội đồng do người đứng đầu cơ quan, đơn vị của người vi phạm chỉ định tạm thời thông qua các cuộc họp và bỏ phiếu kín. Chủ tịch hội đồng là lãnh đạo cấp trưởng hoặc cấp phó. Tuy nhiên, tính công minh của hội đồng kỉ luật trong nội bộ có thể bị ảnh hưởng do sự nể nang, tác động của mối quan hệ cá nhân, thân quen, sự bao che do đã từng nhận được lợi ích từ phía người thực hiện hành vi tham nhũng, nhất là khi tham nhũng trong tổ chức thường có tính hệ thống hoặc thực chất là tham nhũng tập thể.

Không thể phủ nhận những chuyển biến tích cực trong công tác xử lí nghiêm hành vi tham nhũng, tiêu cực trong những năm gần đây, với một loạt các vụ án lớn và nghiêm trọng, các quan chức cấp cao bị đưa ra xét xử, lấy lại niềm tin trong dư luận. Nhưng điều này dường như không xuất phát từ quy định pháp luật được sửa đổi chặt chẽ hơn, mà chủ yếu do sự chỉ đạo quyết liệt của Đảng, vào cuộc của Ủy ban Kiểm tra Trung ương. Bộ Chính trị đã ban hành Chỉ thị 50-CT/TW về tăng cường sự lãnh đạo của Đảng đối với công tác phát hiện, xử lí vụ việc, vụ án tham nhũng, đồng chí Tổng Bí thư trực tiếp chỉ đạo Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng chống tham nhũng, tiêu cực đã tuyên bố thể hiện sự cương quyết xử lí tham nhũng, tiêu cực “không có vùng cấm, không có ngoại lệ, bất kể người đó là ai”.

Thiết nghĩ, thời gian tới cần sửa đổi các quy định chặt chẽ hơn để tăng hiệu lực, hiệu quả của pháp luật đối với việc xử lí hành vi tham nhũng. Việc sửa đổi nên theo hướng thống nhất áp dụng biện pháp xử lí hình sự đối với mọi hành vi tham nhũng, các biện pháp xử lí kỉ luật chỉ nên áp dụng như một hình thức bổ sung chứ không phải hình phạt chính đối với một số hành vi này. Điều này giúp tạo ra tính răn đe đối với cán bộ, công chức và xóa bỏ các kẽ hở, hạn chế hiện nay đang tạo ra bởi hình thức xử lí kỉ luật nội bộ đối với hành vi tham nhũng, tiêu cực. Các hành vi khác có liên quan cần phải thể chế hóa vào các quy tắc ứng xử của cán bộ, công chức hoặc quy định về phòng ngừa xung đột lợi ích để có hình thức xử lí phù hợp. Có như vậy, việc xử lí các hành vi tham nhũng, tiêu cực mới bảo đảm tính nghiêm minh về lâu dài, hiệu quả thiết thực.