Tại kết luận điều tra, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đề nghị UBND TP Hà Nội xử lý vi phạm của ông Nguyễn Mạnh Quyền (nguyên Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội), nay là Phó Chủ tịch UBND TP Hà Nội do có trách nhiệm liên đới về những sai phạm trong quá trình đấu thầu tại Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội.

Theo kết luận điều tra, năm 2016, Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội tổ chức đấu thầu gói thầu số hoá hồ sơ đăng ký doanh nghiệp năm 2016 trên địa bàn thành phố Hà Nội. Biết được thông tin này, Công ty TNHH Đầu tư và Phát triển Đông Kinh (viết tắt là Công ty Đông Kinh) do Võ Việt Hùng làm Giám đốc, người đại diện theo pháp luật không đủ năng lực nộp hồ sơ nên rủ Công ty TNHH Thương mại và Dịch vụ kỹ thuật Nhật Cường (viết tắt là Công ty Nhật Cường) do Bùi Quang Huy làm Tổng Giám đốc, người đại diện theo pháp luật cùng tham gia. Để hợp thức hoá việc nộp hồ sơ đấu thầu, Công ty Nhật Cường đã ký hợp đồng kinh tế với Công ty TNHH Thương mại Minh Hoa, do bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa làm Giám đốc. Sau đó, liên danh Công ty Nhật Cường - Đông Kinh sử dụng hợp đồng này để hợp thức hóa hồ sơ năng lực và tham dự vào hoạt động đấu thầu.

Ông Nguyễn Mạnh Quyền, Phó Chủ tịch UBND TP Hà Nội.

Bùi Quang Huy do có mối quan hệ quen biết với ông Nguyễn Đức Chung nên đã nhờ ông Chung sử dụng quyền của Chủ tịch UBND TP Hà Nội để chỉ đạo đình chỉ thầu không đúng thẩm quyền, can thiệp trái pháp luật vào hoạt động đấu thầu.

Cụ thể, ông Nguyễn Đức Chung đã yêu cầu Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội cho Công ty Nhật Cường thực hiện thí điểm số hóa đối với gói thầu mục đích là để cho Công ty Nhật Cường tham gia đấu thầu, trúng thầu và hưởng lợi ích, đồng thời để Công ty TNHH Thương mại Minh Hoa ký kết hợp đồng kinh tế với Công ty Nhật Cường để liên danh Công ty Nhật Cường - Đông Kinh sử dụng hợp thức hoá hồ sơ năng lực dự thầu và trúng gói thầu số hoá hồ sơ đăng ký doanh nghiệp năm 2016. Cuối năm 2016, liên danh Công ty Nhật Cường - Đông Kinh đã được Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội thanh toán số tiền hơn 42 tỷ đồng.

Năm 2017, ông Nguyễn Mạnh Quyền khi đó là Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội ký văn bản đăng ký bổ sung dự toán năm 2017. Sau đó, UBND TP Hà Nội cấp bổ sung ngân sách cho Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội, trong đó có dự toán gói thầu số hóa trị giá hơn 18 tỷ đồng. Cuối năm 2017, ông Quyền tiếp tục ký quyết định về việc giao dự toán chi ngân sách Nhà nước.

Trong đó, phần kinh phí thực hiện số hóa tài liệu, hồ sơ đăng ký doanh nghiệp của Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội hơn 18 tỷ đồng. Đầu năm 2018, sau khi Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội mời thầu gói số hóa, liên danh Công ty Nhật Cường - Đông Kinh tiếp tục được chọn làm nhà thầu và được Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội thanh toán gần 17 tỷ đồng.

Cơ quan CSĐT Bộ Công an xác định, tại hai hợp đồng ký với Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội, Công ty Nhật Cường đều trúng thầu nhưng sau đó Công ty Nhật Cường bán lại cho Công ty Đông Kinh và hưởng lợi bất chính số tiền gần 20 tỷ đồng.

Quá trình điều tra, ông Quyền cho biết, ông làm Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội từ tháng 7/2017 đến tháng 12/2020. Đối với gói thầu số hóa năm 2016, khi liên danh Công ty Nhật Cường - Đông Kinh trúng thầu và đang thực hiện hợp đồng thì ông không chỉ đạo, tham gia hay liên hệ ký hồ sơ hoặc chứng từ nào.

Trong gói thầu năm 2017, ông Quyền thừa nhận có ký văn bản đăng ký bổ sung dự toán để phục vụ số hóa tài liệu và giao dự toán gói thầu theo đề xuất của bị can Phạm Thị Kim Tuyến (cựu Trưởng phòng Đăng ký kinh doanh, Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội). Đồng thời, việc phê duyệt dự toán gói thầu, tổ chức đấu thầu do bị can Nguyễn Tiến Học (cựu Phó giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội) và ông Phạm Văn Khương (cựu Phó Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội, đã chết) thực hiện. Còn việc nghiệm thu, thanh toán hợp đồng cho liên danh Công ty Nhật Cường - Đông Kinh thực hiện theo văn bản ủy quyền của Giám đốc Sở giao cho Phó Giám đốc Sở.

Tại kết luận điều tra, Cơ quan CSĐT Bộ Công an xác định, ông Nguyễn Mạnh Quyền không trực tiếp chỉ đạo hay tham gia tổ chức đầu thầu hai gói số hóa. Nhưng căn cứ Điều 32, Điều 61 Luật Ngân sách năm 2015 quy định về trách nhiệm của Thủ trưởng đơn vị dự toán ngân hàng, ông Nguyễn Mạnh Quyền với tư cách là Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội, Thủ trưởng đơn vị dự toán ngân sách nên phải chịu trách nhiệm liên đới về những sai phạm trong hoạt động đấu thầu.

Quá trình điều tra, cơ quan điều tra xác định chưa đủ căn cứ xem xét trách nhiệm hình sự đối với ông Nguyễn Mạnh Quyền về sai phạm trong hoạt động đấu thầu. Ủy ban Kiểm tra Trung ương đã kiểm tra và đang làm thủ tục xử lý đối với ông Nguyễn Mạnh Quyền nên Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã gửi văn bản đề nghị UBND TP Hà Nội xử lý ông Quyền theo quy định của pháp luật.