Về nguồn gốc, cả hai loại đều có nguồn gốc từ nguyên liệu tự nhiên như thực vật, động vật, côn trùng, khoáng vật... Nhưng, tính tự nhiên ban đầu của thuốc YHCT còn được giữ lại rất nhiều mặc dù qua sao tẩm, chế biến có một phần nhỏ nào đó trở nên xa lạ với tự nhiên, còn thuốc YHHĐ thì tuy có nguồn gốc tự nhiên nhưng đã bị biến đổi hết sức sâu sắc và hoàn toàn do sự điều khiển của trí tuệ con người. Vì thế, có thể nói, thuốc YHHĐ còn có nguồn gốc tổng hợp nhân tạo mà thuốc cổ truyền không có.

Về nguồn thuốc, thuốc YHCT phụ thuộc nhiều vào môi trường tự nhiên như khí hậu, đất đai, giống loài, điều kiện chăm bón và kĩ thuật nuôi trồng. Còn thuốc YHHĐ hoàn toàn không phụ thuộc vào điều kiện tự nhiên môi trường, con người có thể làm chủ được tuyệt đại đa số các khâu từ nguyên vật liệu đến chất lượng và số lượng sản phẩm.

Ảnh minh hoạ

Về thành phần, thuốc YHHĐ thường chỉ gồm một hoá chất và tá dược, đôi khi có thể hai hay ba hoạt chất. Nhưng, thuốc YHCT, có thể nói, là cả một “mớ bòng bong” gồm rất nhiều hoạt chất hữu cơ có nguồn gốc tự nhiên, các hợp chất hữu cơ nhân tạo được hình thành qua quá trình chế biến, phối ngũ và đun nấu thuốc và các hợp chất vô cơ. Các hoạt chất này có loại đã biết, có loại chưa được biết do hạn chế của kĩ thuật phân tích hoá dược. Thông thường, một bài thuốc YHCT có từ 1 đến 20 vị, thậm chí còn hơn thế nữa. Mỗi vị cụ thể lại chứa một số loại protid, glucid, lipid, hoạt chất, muối khoáng, vitamin... Nếu ước lượng các chất hữu cơ chính (không kể dạng vết) chứa trong một vị thuốc là 20 thì một bài thuốc gồm 20 vị sẽ có 40 chất. Đó là chưa kể sau khi sao tẩm (vi sao, sao vàng, sao đen...), đun nấu (văn hoả, vũ hoả...) một số hoạt chất có thể biến đổi và hình thành thêm một số hoạt chất mới. Như vậy, có thể thấy, thành phần của thuốc YHCT là cực kì phong phú và phức tạp.

Về câú trúc hoá học của hoạt chất, với thuốc YHCT là cấu trúc hoá học tự nhiên, rất phong phú, chủ yếu là các sản phẩm chuyển hoá thứ cấp, các thành phần khác là sản phẩm chuyển hoá sơ cấp như hydratcarbon, protid, lipid, acid hữu cơ, chất nhày, enzym, vitamin, nguyên tố vi lượng... Với thuốc YHHĐ, cấu trúc phân tử của các hoạt chất là tinh khiết và đơn nhất, cũng có cấu trúc hoá học tự nhiên nhưng phần nhiều là cấu trúc nhân tạo do quá trình tổng hợp tạo nên.

Về liều lượng sử dụng, với thuốc YHHĐ là xác định, có tính chính xác cao, nhưng với thuốc YHCT phạm vi dao động khá lớn. Nồng độ hoạt chất trong thuốc YHHĐ rất cao, còn nồng độ hoạt chất trong thuốc YHCT thường rất thấp.

Về dạng thuốc, thuốc sắc là dạng thuốc chính của thuốc YHCT, ngoài ra còn có thuốc hoàn, thuốc tán, thuốc cao lỏng, thuốc đan, rượu thuốc, trà thuốc, cao thuốc đặc và dược thiện (món ăn - bài thuốc). Còn thuốc YHHĐ có thuốc viên (viên nén, viên nhộng, viên nang...), thuốc đạn, thuốc mỡ, thuốc nước, thuốc trứng... và đặc biệt là thuốc tiêm và truyền mà thuốc YHCT không có.

Về con đường chính đưa thuốc vào cơ thể, với thuốc YHCT, uống là con đường chủ yếu, ngoài ra còn có thể bôi, đắp, xông, xoa, dán thuốc vào huyệt vị châm cứu... Thuốc YHHĐ ngoài đường uống còn có đường tiêm, truyền tĩnh mạch, thụt, cấy trong da... Nhìn chung, kĩ thuật đưa thuốc vào cơ thể của thuốc YHHĐ phức tạp hơn sơ với thuốc YHCT. Hiện nay, một số thuốc có nguồn gốc từ thuốc YHCT có thể đưa vào cơ thể bằng đường tiêm truyền như dung dịch đan sâm, dung dịch hồng hoa... nhưng các thuốc này thành phần chỉ là một số đơn chất được chiết xuất từ dược liệu nên về bản chất chúng gần với thuốc YHHĐ hơn là thuốc YHCT.

Về nguyên tắc chỉ đạo, thuốc YHHĐ được sử dụng dựa trên cơ sở của y học thực nghiệm và kiến thức của các chuyên ngành y học cơ sở như sinh lí học, giải phẫu học, sinh lí bệnh, dược lí, hoa sinh... nghĩa là những tri thức của khoa học kĩ thuật mang tính chính xác cao, có thể giải thích cơ chế và theo dõi tường tận từ khâu đầu đến khâu cuối. Còn thuốc YHCT được dùng theo sự chỉ đạo của lí luận YHCT mà cốt lõi là các học thuyết âm dương, ngũ hành và thiên nhân hợp nhất. Cụ thể hoá là lí luận về “tứ khí” (hàn, nhiệt, ôn, lương), “ngũ vị” (chua, cay, đắng, mặn, ngọt) và “thăng giáng phù trầm”. Ví dụ, thuốc hàn tính được chỉ định dùng cho bệnh nhân có nhiệt chứng biểu hiện bằng các triệu chứng như sốt, khát nước, mặt đỏ, mắt đỏ, đại tiện táo, tiểu tiện sẻn đỏ, chất lưỡi đỏ, rêu vàng, mạch sác... Nghĩa là, việc dùng thuốc YHCT phải tuân thủ nguyên tắc “biện chứng luận trị”.

Về tác dụng, thuốc YHCT gồm phần lớn các hợp chất tự nhiên cho nên cơ thể thường dễ hấp thu, chuyển hoá và thải trừ hơn so với thuốc YHHĐ vốn được tạo ra bằng con đường tổng hợp hữu cơ. Nhưng vì nồng độ hoạt chất thường rất cao và nhiều khi được dùng dưới dạng tiêm truyền nên thuốc YHHĐ thường phát huy tác dụng nhanh và mạnh hơn thuốc YHCT.

Thuốc YHHĐ thường tác động trực tiếp vào nguyên nhân gây bệnh và phát huy tác dụng ức chế bệnh là chủ yếu. Còn tác dụng của thuốc YHCT là đa dạng và cộng đồng tác dụng, vừa đánh vào đích, vừa thay đổi nội môi và nâng cao sức đề kháng của cơ thể. Có thể coi tác dụng của một bài thuốc YHCT tựa như hàng trăm ngàn “mũi kim châm cứu” hoá học tác động vào các cơ quan, các hệ men... khác nhau để đưa trạng thái bệnh lí của cơ thể trở về trạng thái sinh lí bình thường. Một bát thuốc sắc YHCT, tuỳ theo từng đơn cụ thể, thường là cả một tổ hợp các chất protid, lipid, glucid, các hoạt chất, các men, các vitamin và nguyên tố vi lượng... nên cơ chế tác dụng là rất phong phú và phức tạp, trong đó việc “phù chính” là hết sức quan trọng bên cạnh việc “khu tà”.

Về kĩ thuật bào chế, thuốc YHHĐ thường rất phức tạp đòi hỏi phải có con người được đào tạo hết sức công phu và trang thiết bị kĩ thuật hiện đại gắn liền với sự phát triển của nền công nghiệp. Ngược lại, thuốc YHCT tuy có một bộ phận phải bào chế cầu kì nhưng nhìn chung là rất đơn giản, dễ làm, dễ học, không đòi hỏi nhân lực có trình độ cao và các trang thiết bị hiện đại và đắt tiền.

Về bảo quản và vận chuyển, thuốc YHHĐ thường dễ dàng và thuận lợi, còn thuốc YHCT thì khó khăn do khối lượng lớn, cồng kềnh, dễ bị ẩm mốc và chuột bọ phá hoại.

Về tiêu chuẩn hoá, với thuốc YHHĐ, con người có thể làm chủ được tuyệt đại đa số các khâu trừ sản xuất, bảo quản đến sử dụng, có thể kiểm soát chất lượng, số lượng, đường dùng, thời điểm dùng... một cách chính xác. Còn thuốc YHCT từ khâu thu hái, bảo quản, chế biến và sử dụng đều khó tiêu chuẩn hoá và khó kiểm soát. Đôi khi không thể làm được vì tính phức tạp của tự nhiên.

Về tác dụng không mong muốn, vì đa phần là những hợp chất xuất xứ từ tổng hợp hữu cơ nên thuốc YHHĐ thường tạo ra sự “xa lạ phân tử” đối với cơ thể và hơn nữa nồng độ lại khá cao nên dễ dẫn đến các tác dụng không mong muốn như dị ứng, ngộ độc, các bệnh lí do thuốc gây nên... hơn so với thuốc YHCT.