Ngay trong đêm 04 rạng sáng ngày 05/5/2021, Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương đã tiến hành lấy mẫu, làm xét nghiệm và phát hiện một số mẫu dương tính với vi rút SARS-CoV-2 của một số bệnh nhân và nhân viên trong một số khoa điều trị của bệnh viện. Bước đầu, Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương nhận định đây là chùm ca bệnh COVID-19 do lây nhiễm trong khu điều trị bệnh nhân nội trú của bệnh viện tại cơ sở Kim Chung.

Bộ Y tế đã chỉ đạo Bệnh viện lập tức khoanh vùng, tổ chức cách ly phòng, chống dịch COVID-19 đối với các khoa, phòng của bệnh viện và thực hiện nghiêm công tác phòng, chống dịch COVID-19 ngay tại cơ sở Kim Chung của bệnh viện, bắt đầu từ 8h00 ngày 05/5/2021. Đồng thời, bệnh viện phải tổ chức rà soát toàn bộ các quy trình phòng, chống dịch COVID-19 tại bệnh viện, tổ chức cách ly các khu vực, khoa phòng phát hiện các ca bệnh, đảm bảo không để xẩy ra các ca lây nhiễm mới trong bệnh viện.

​Trong tình hình dịch bệnh COVID-19 đang diễn biến phức tạp tại một số địa phương trong cả nước, Bộ Y tế đã ban hành Quyết định áp dụng biện pháp cách ly y tế phòng, chống dịch COVID-19 tại Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương cơ sở Kim Chung, thời gian cách ly y tế từ 0800 ngày 05/5/2021 đến 0800 giờ ngày 19/5/2021. Trong thời gian cách ly y tế, bệnh viện chỉ tiếp nhận điều trị các ca bệnh mới dương tính với vi rút SARS-CoV-2.

​Bộ Y tế giao Cục Quản lý Khám chữa bệnh hướng dẫn, tổ chức, giám sát việc thực hiện cách ly y tế phòng, chống dịch COVID-19 tại Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương cơ sở Kim Chung, hướng dẫn việc quản lý, điều trị các bệnh nhân hiện còn tại bệnh viện; rà soát, lập danh sách các bệnh nhân đã điều trị và xuất viện trong thời gian 14 ngày gần đây đã về các địa phương, thông tin kịp thời để các địa phương quản lý, tổ chức giám sát, cách ly phòng, chống dịch COVID-19 đối với các bệnh nhân này theo quy định.

Bộ Y tế yêu cầu Cục Quản lý Khám, chữa bệnh chỉ đạo các địa phương có liên quan tổ chức việc thu dung, điều trị bệnh nhân COVID-19 tại địa phương, chỉ chuyển tuyến các bệnh nhân COVID-19 nặng về Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương cơ sở Kim Chung; chỉ đạo các cơ sở y tế tăng cường thực hiện nghiêm các quy định phòng, chống COVID-19 trong bệnh viện.

​Bộ Y tế chỉ đạo các Vụ, Cục, đơn vị trực thuộc Bộ phối hợp với các tỉnh, thành phố tổ chức truy vết, giám sát các bệnh nhân đã từng điều trị tại Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương cơ sở Kim Chung trong 14 ngày gần đây theo quy định về giám sát, cách ly y tế phòng, chống dịch COVID-19.

​Thực hiện ý kiến chỉ đạo của Bộ trưởng Bộ Y tế, ngày 04/5/2021, Thứ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Trường Sơn dẫn đầu đoàn công tác của Bộ Y tế sang hỗ trợ và trao quà tặng Bộ Y tế Lào trong công tác phòng, chống dịch COVID-19. Sau khi trở về Việt Nam, Thứ trưởng Nguyễn Trường Sơn và các thành viên Đoàn công tác đã thực hiện cách ly y tế tập trung theo quy định. Ngày 05/5/2021, kết quả xét nghiệm SARS-CoV-2 của Thứ trưởng Nguyễn Trường Sơn và những người tiếp xúc gần đã cho kết quả âm tính. Đây là lần thứ hai Thứ trưởng Nguyễn Trường Sơn thực hiện cách ly y tế phòng, chống dịch COVID-19, lần đầu tiên là sau khi hoàn thành nhiệm vụ phòng, chống dịch tại Đà Nẵng vào tháng 9/2020.