Theo ông Nguyễn Văn Phụng, nguyên Vụ trưởng Vụ Quản lí thuế Doanh nghiệp lớn,Tổng cục Thuế, người có gần 20 năm làm chính sách tài chính, quá trình thảo luận, xây dựng Luật Thuế GTGT đã có nhiều “vấn đề”. Và hệ quả, sắc thuế này đã trở thành “lợi bất cập hại”.

Năm 2008, Quốc hội thông qua Luật Thuế GTGT. Khi đó, có 26 nhóm hàng hóa dịch vụ chịu thuế, 15 nhóm hàng hóa dịch vụ chịu thuế 5%, thuế 0% dành cho nhóm dịch vụ hàng hóa xuất khẩu và nhóm chịu thuế 10%. Trong đó phân bón và máy móc thiết bị chuyên dùng cho nông nghiệp được áp dụng mức thuế 5%.

Cuộc khủng hoảng kinh tế xảy ra tại châu Á - Thái Bình Dương năm 2008 đã khiến Việt Nam gặp rất nhiều khó khăn, đặc biệt là giai đoạn năm 2012-2013. Do đó, các nhà làm chính sách phải tính toán làm thế nào để khuyến khích, đồng thời tháo gỡ khó khăn cho ngành nông nghiệp.

Các nhà khoa học kiến nghị vật tư nông nghiệp đầu vào, trong đó có phân bón, nên để thuế thấp hơn, tạo điều kiện cho bà con nông dân được mua giá rẻ và doanh nghiệp sản xuất được lợi. Một số hiệp hội ngành hàng kiến nghị đưa phân bón về thuế suất 0%. “Lúc đó với tư cách cán bộ làm chính sách của Bộ Tài chính, tôi đã khuyến cáo rằng, không thể đưa về 0% được vì theo thông lệ và các cam kết quốc tế, chúng ta chỉ áp dụng cho hàng hóa và dịch vụ xuất khẩu, theo đúng nguyên tắc của thuế GTGT”, ông Phụng nhấn mạnh.

Tại thời điểm đó, Quốc hội đã thảo luận rằng, hiện có 3 mức thuế 0%, 5% và 10%. Nếu như vật tư nông nghiệp đầu vào đang ở mức 5% mà khó khăn quá thì đưa về mức không chịu thuế. Rất tiếc tại thời điểm đó, các hiệp hội ngành hàng, các viện, cơ quan nghiên cứu… không đủ thông tin dữ liệu để chứng minh rằng 5% có lợi hay không chịu thuế có lợi hơn. Năm 2014, Quốc hội đã ban hành Luật Thuế GTGT quy định các mặt hàng phân bón, máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp không phải chịu thuế GTGT.

Ngay sau khi triển khai thực hiện, Luật Thuế GTGT đã bộc lộ khá nhiều bất cập. Không những giá bán phân bón trong nước không giảm mà còn tăng lên, làm hạn chế sản xuất, kinh doanh, kìm hãm sự phát triển của các dự án đầu tư sản xuất phân bón, khiến doanh nghiệp điêu đứng, nông dân chịu thiệt hại.

TS Phùng Hà, Phó Chủ tịch kiêm Tổng Thư kí Hiệp hội Phân bón Việt Nam chia sẻ, sau khi Luật Thuế 71 đi vào cuộc sống, các doanh nghiệp sản xuất phân bón đã gặp một số khó khăn: Thứ nhất, do không được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ bao gồm cả hoạt động đầu tư, mua sắm tài sản cố định phục vụ cho hoạt động sản xuất phân bón mà phải tính vào chi phí sản phẩm, khiến giá thành tăng và lợi nhuận giảm; bất lợi trong cạnh tranh với phân bón nhập khẩu.

Việc sớm sửa đổi Luật Thuế GTGT không chỉ hỗ trợ các doanh nghiệp phân bón trong nước vượt qua giai đoạn khó khăn do Covid-19 mà còn gián tiếp hỗ trợ nông dân được mua phân bón với giá hợp lí hơn.

Thứ hai, do không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào nên không khuyến khích các doanh nghiệp sản xuất phân bón đầu tư, mua sắm, sửa chữa, nâng cấp tài sản cố định để tạo ra sản phẩm phân bón thế hệ mới, chất lượng cao, hàm lượng công nghệ lớn.

Ngoài ra, theo Luật Thuế GTGT, phân bón nhập khẩu không có thuế GTGT, điều này có lợi cho các nhà sản xuất nước ngoài khi xuất khẩu phân bón sang Việt Nam và làm ảnh hưởng đến các doanh nghiệp sản xuất trong nước khi phải “gánh” chi phí thuế GTGT.

Theo PGS.TS Ngô Trí Long, Luật Thuế GTGT không những ảnh hưởng đến doanh nghiệp và nông dân, còn ảnh hưởng tới môi trường và nông sản đầu ra của Việt Nam. Bởi vì, nếu không có sự thay đổi về chính sách thuế, các doanh nghiệp trong nước còn phải đối mặt với nguy cơ thay đổi chiến lược kinh doanh sang lĩnh vực khác, nhường thị phần lại cho các sản phẩm phân bón ngoại nhập giá rẻ, kém chất lượng. Đây chính là nguy cơ lớn nhất cho ngành nông nghiệp và xuất khẩu nông sản Việt Nam.

Khi không được khấu trừ thuế GTGT, tự nhiên phân bón nội địa “lép vế” với sản phẩm nhập khẩu.

Bên cạnh đó, với việc hưởng lợi từ việc cắt giảm thuế suất thuế nhập khẩu ở Việt Nam theo cam kết của Hiệp định thương mại tự do (FTA), doanh nghiệp nước ngoài càng có điều kiện hạ giá bán phân bón mạnh để cạnh tranh với phân bón nội địa. Các doanh nghiệp sản xuất phân bón trong khu vực, kể cả các doanh nghiệp sử dụng công nghệ lạc hậu đều được hậu thuẫn để chen chân vào thị trường Việt Nam. Điều này, không những làm cho phân bón nội địa thụt lùi mà sản phẩm nông nghiệp và môi trường cũng sẽ bị ảnh hưởng nghiêm trọng, bởi lẽ các loại sản phẩm được sản xuất bằng công nghệ lạc hậu giá rẻ chắc chắn sẽ tác động tới môi trường và nông sản đầu ra.

Về lâu dài, sự lệ thuộc vào phân bón nhập khẩu không thể bảo đảm phát triển nền nông nghiệp bền vững, gây ảnh hưởng xấu đến mối quan hệ công nghiệp - nông nghiệp - nông dân và nông thôn, ảnh hưởng đến an ninh lương thực của nước nhà. Do đó, các chuyên gia cho rằng, qua 10 năm thực hiện Luật Thuế GTGT có nhiều bất cập nên cần phải xem xét sửa đổi là hợp lí.