Luật Thuế GTGT được ban hành lần đầu vào năm 1997, thay thế cho thuế doanh thu, và đã trải qua nhiều sửa đổi quan trọng, đặc biệt vào các năm 2008, 2013, 2015 và 2016. Sau 15 năm kể từ sửa đổi năm 2008, cách thức thực hiện thuế GTGT đã có những thay đổi cơ bản, phản ánh sự phát triển trong quản lý hóa đơn của doanh nghiệp và sự biến chuyển trong tiêu dùng và cung ứng hàng hóa, dịch vụ nhờ tiến bộ công nghệ.

Sửa Luật Thuế GTGT cần đảm bảo công bằng đối với các doanh nghiệp cùng ngành nghề sản xuất hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế GTGT 5%.

Tuy nhiên, luật này cũng bộc lộ nhiều bất cập, như phạm vi đối tượng không chịu thuế còn rộng, ảnh hưởng đến khả năng khấu trừ thuế đầu vào và tăng chi phí sản xuất cho doanh nghiệp. Cấu trúc các mức thuế suất cần được xem xét lại để phù hợp với Chiến lược cải cách và xu hướng chung. Ngoài ra, nhiều vấn đề trong quản lý thuế GTGT, như khấu trừ thuế đầu vào mà không kê khai nộp thuế đầu ra, cũng đã phát sinh, cùng với đó là các bất cập trong thực hiện hoàn thuế GTGT…

Liên quan đến nội dung sửa đổi quy định về hoàn thuế giá trị gia tăng tại dự án sửa đổi Luật Thuế GTGT được nêu trong Tờ trình của Bộ Tài chính gửi đến Chính phủ. Theo đó, tại Khoản 3, Điều 15 của Dự thảo - Các trường hợp hoàn thuế :"…Cơ sở kinh doanh chỉ sản xuất hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5% nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết từ ba trăm triệu đồng trở lên sau 12 tháng hoặc 04 quý thì được hoàn thuế giá trị gia tăng".

Với quy định này, nếu doanh nghiệp chỉ có 01 loại thuế suất thuế GTGT là 5% thì mới được hoàn thuế, còn những doanh nghiệp có từ 02 loại thuế suất thuế GTGT trở lên thì không được hoàn thuế. Điều này là không công bằng đối với các doanh nghiệp có từ 02 loại thuế suất thuế GTGT trở lên. Hệ quả, giá bán phân bón không giảm được bao nhiêu, không hỗ trợ được nhiều cho bà con nông dân, doanh nghiệp gặp tình trạng lãi giả lỗ thật, ngoài ra còn ảnh hưởng đến Ngân sách Nhà nước.

Theo ông Nguyễn Văn Được, Ủy viên thường trực Hội Tư vấn thuế Việt Nam cho rằng, trong thực tế, doanh nghiệp được tự do kinh doanh nên đa phần doanh nghiệp kinh doanh đa ngành nghề, rất ít doanh nghiệp chỉ sản xuất một lĩnh vực chịu thuế GTGT 5%. Do đó, sửa luật thuế GTGT cần đảm bảo công bằng đối với các doanh nghiệp cùng ngành nghề sản xuất hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế GTGT 5%...

Ông Được lấy ví dụ, doanh nghiệp A là nhà sản xuất phân bón và kinh doanh hóa chất, nếu hàng hóa phân bón thuộc đối tượng chịu thuế GTGT 5% và hóa chất chịu thuế suất 10% thì doanh nghiệp A sẽ không được hoàn thuế. Trong khi đó, doanh nghiệp B chỉ sản xuất phân bón, không kinh doanh ngành nghề khác thì lại được hoàn thuế. Như vậy, sẽ không công bằng đối với các doanh nghiệp cùng ngành nghề.

Do đó, thuật ngữ "chỉ" sẽ làm giới hạn đối tượng được hoàn thuế và không đảm bảo công bằng đối với các doanh nghiệp cùng ngành nghề sản xuất hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng 5%...

Người nộp thuế phải hạch toán riêng hoạt động sản xuất kinh doanh của hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng 5% được hoàn thuế. Trường hợp không hạch toán riêng được số thuế giá trị gia tăng của hoạt động sản xuất kinh doanh hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng 5% thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tỷ lệ doanh thu của hoạt động sản xuất kinh doanh hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng 5% trên tổng doanh thu trong kỳ nhưng tối đa không quá 5% trên tổng doanh thu của hoạt động sản xuất kinh doanh hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế GTGT 5%, ông Được nói.

Quy định về cách tính số thuế hoàn thuế và khống chế mức thuế được hoàn nêu trên tương tự đối với trường hợp người nộp thuế có hoạt động xuất khẩu và hoạt động kinh doanh nội địa đã được áp dụng ổn định nhiều năm qua.

Do đó, ông Được đề nghị bỏ từ "chỉ" để cho phép hoàn thuế đối với đối tượng sản xuất kinh doanh hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng 5% cho đúng bản chất nhưng phải "bù trừ với các hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế khác" đồng thời phải thực hiện "phân bổ" số thuế giá trị gia tăng theo tỷ lệ chịu thuế 5% so với tổng hàng hóa dịch vụ của người nộp thuế.

Như vậy, "nếu bỏ từ "chỉ" thì tất cả các doanh nghiệp có 01 hay 02 loại thuế suất thuế GTGT trở lên đều được đối xử bình đẳng. Điều này giúp cho Doanh nghiệp có điều kiện và động lực để liên tục đầu tư phát triển, đổi mới, đa dạng sản phẩm; Giành thêm nguồn lực đem lại lợi ích cho nền kinh tế", Chuyên gia Được nhấn mạnh.