Sau khi làm thủ tục xuất khẩu linh kiện điện tử đi Mỹ, Campuchia, UAE, Singapore, thông qua các đầu mối trung gian, Dũng cho tổ chức lập hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng để chiếm đoạt tiền của Nhà nước.

Theo kế hoạch vạch ra, từ tháng 2/2018-6/2019, Dũng chỉ đạo cấp dưới móc nối với cán bộ, lãnh đạo Công ty Nhà Thủ Đức (Thuduc House) để lập, ký 334 hợp đồng kinh tế với 8 công ty nước ngoài. Tổng giá trị các lô hàng xuất khẩu là hơn 158 triệu USD (hơn 3.600 tỷ đồng), thuế giá trị gia tăng hàng xuất khẩu bằng 0%.

Để hợp thức đầu vào, Thuduc House đã lập, ký 334 hợp đồng mua bán linh kiện điện tử trong nước với nhiều công ty với giá trị hơn 4.000 tỷ đồng, trong đó có 10% tiền thuế giá trị gia tăng. Thuduc House sau đó lập 17 bộ hồ sơ gửi Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng hơn 365 tỷ đồng.

Khi tiếp nhận hồ sơ, Cục thuế TP. Hồ Chí Minh đã ban hành 17 quyết định hoàn thuế giá trị gia tăng cho Thuduc House với tổng số tiền hơn 365 tỷ đồng.

Cơ quan điều tra xác định, để xảy ra hành vi gian dối, lập hồ sơ khống để hoàn thuế giá trị gia tăng còn có hành vi trái pháp luật về quản lý thuế của cán bộ Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh trong việc kiểm tra, thanh tra, xét duyệt, quyết định hoàn thuế.

Các bị can tại Cục thuế TP. Hồ Chí Minh đã không tuân thủ quy định của pháp luật về quản lý thuế, quy trình trong việc xét duyệt, thẩm định hoàn thuế giá trị gia tăng. Nhóm cán bộ này còn không đối chiếu số liệu, không báo cáo dấu hiệu bất thường trong các bộ hồ sơ, không tổ chức thanh tra để phát hiện sai phạm. Các hành vi này dẫn đến việc hoàn thuế không đúng, gây thất thoát cho Nhà nước hơn 365 tỷ đồng.