Chùa được tu sửa nhiều lần qua các triều đại: Nhà Trần, nhà Nguyễn, gồm nhiều công trình lớn đặc biệt là gác chuông có quy mô lớn và độc đáo. Gác chuông treo một quả chuông lớn đúc vào năm Thành Thái thứ II (1890). Gác chuông gồm 5 gian, trong đó 3 gian giữa có kiến trúc chồng diêm. Diện tích gác chuông 128m2. Công trình bằng gỗ lim, lợp ngói mũi cổ, tường xây gạch Bát Tràng và gạch chỉ chắc chắn. Chùa có kiến trúc chữ Đinh. Tiền đường gồm 7 gian, kích thước 16m x 8m, kết cấu các vì kèo theo kiểu chồng rường, đấu sen.

Công trình thượng điện có kích thước 11m x 7m; bên trái là 7 gian thờ Mẫu, kích thước 14m x 4m. Các vì kèo kết cấu theo kiểu kèo cầu. Bên phải thượng điện là hai nhà khách nối liền nhau như một hành lang. Sau nhà Tổ là nhà cung, gồm 9 gian có kích thước 20m x 5,4m, kết cấu theo kiểu trụ đầu, mái thấp, gian hẹp, năm 2002 được tu sửa. Phía Bắc chùa có sân rộng khoảng 1.000m2... Chùa Trăm Gian khác với các ngôi chùa ở chỗ có vườn tháp, trong đó có 10 ngôi mộ, 9 ngôi được xây từ thời Nhà Nguyễn, 1 ngôi xây năm 2003.

Lầu Thủy Đình

Đại đức Thích Tục Phương cho biết, chùa Trăm Gian trước đó chỉ là một ngôi chùa nhỏ, tường đất, mái tranh. Vào thời Lê Cảnh Hưng (hậu Lê), có nhà sư trụ trì chùa kiêng không ăn 5 thứ ngũ cốc, mỗi ngày chỉ ăn một bìa đậu phụ và 2 mớ rau muống, nên dân gian phong là cụ Tổ Rau. Nhà vua thấy lạ, bèn cho triệu nhà sư vào Triều một mặt giảng Kinh Phật cho nhà vua và Triều thần, một mặt sai nội y kiểm tra sức khoẻ có đúng như lời đồn. Kết quả kiểm tra là đúng. Sau một năm rưỡi, cụ Tổ Rau truyền đủ các bài Kinh Phật, vua và Triều thần như được tắm dòng nước mát, tâm hồn thư thái, tâm thế nhẹ nhõm. Vua lấy làm cảm khoái, ý thưởng công cho nhà sư, hoặc là nhà sư nhận một chức tước trong Triều phụ trách phần tâm linh, hoặc là nhận một phần thưởng bằng kim ngân. Cụ Tổ Rau xin phép nhà vua được nhận kim ngân để về xây dựng chùa và dựng tượng nhà vua thờ tại chùa. Có kim ngân do nhà vua ban tặng, cụ Tổ Rau về xây chùa 100 gian và tạc tượng nhà vua. Vì thế, chùa An Ninh được gọi là chùa Trăm Gian từ đó.

Trải bao mưa nắng, biến động, hiện chùa chỉ còn 85 gian, 57 pho tượng Phật có niên đại từ thời nhà Lý, nhà Trần và nhà Nguyễn. Trong đó có tượng Trúc Lâm Tam Tổ, 12 bức đại tự, 12 câu đối các loại, 738 bản khắc kinh Phật, 7 bia đá...

Trương truyền, Nguyễn Huy Tĩnh, một tướng giỏi của nhà Trần đã đóng quân ở đây luyện tập võ nghệ, binh pháp để tiến đánh quân Nguyên - Mông thế kỉ thứ XIII. Thời kì chống Pháp, chùa là cơ sở của bộ đội địa phương. Thời chống Mỹ, chùa là cơ sở quân y hậu cần Quân khu 3. Năm 1990, chùa Trăm Gian được Bộ Văn hoá, Thể thao và Du lịch xếp hạng Di tích cấp Quốc gia. Lễ hội chùa Trăm Gian được tổ chức từ ngày 11-13/ 9 âm lịch hằng năm.

Điểm nhấn nổi bật của chùa Trăm Gian là lầu Thuỷ Đình do gia đình bà Nguyễn Thị Đạt, ở thôn An Đông, xã An Bình cung tiến. Diện tích lầu 50m2, giá trị xây lắp hơn 2 tỉ đồng. Lầu Thuỷ Đình cấu trúc độc đáo như một toà sen vươn lên từ mặt hồ. Tám mái lợp ngói ta. Tám đầu đao đắp đầu Rồng. Nóc lầu hình bầu rượu. Trong Lầu thờ tượng Đức Phật Quan Thế Âm Bồ Tát, cao 2,36m; nặng 6,6 tấn. Từ sân chùa nối với lầu bằng cây cầu bê tông dài 13,5m, rộng 3m, hai bên thành cầu đắp phù điêu hình hoa sen, có 9 bậc thang để vào trong lầu.

Đại Đức Thích Tục Phương cho biết, chùa có phương án tu sửa, sẽ phục hồi đủ hoặc hơn 100 gian và phục hồi các nghi lễ. Khi hoàn thành chùa Trăm Gian sẽ là ngôi chùa độc đáo, hấp dẫn du khách đến chiêm bái, dâng hương.